在深入了解日本博士申请前，得先搞清楚日本独特的学历概念。日本的 “研究生” 和国内硕士研究生可不是一回事，它更像是为外国留学生准备的预科阶段。在这个时期，留学生跟着教授做研究、旁听课程，查漏补缺，但不会获得学位，只是为后续的修士（硕士）或博士课程打基础。而 “修士” 才是真正意义上的硕士研究生，学制一般两年，也叫 “博士前期课程”，不过读完修士也不能直接升博士，还得通过考试才行。“博士” 即 “博士后期课程”，学制通常是三年或更久 ，修士和博士在日本都被称作 “大学院生”。
日本的博士教育分为课程博士和论文博士两类。课程博士要求学生修满至少 30 学分，通过所有考试，完成论文审查和答辩后才能拿到博士学位；论文博士则比较灵活，无需在校上课，只要提交的博士论文通过审查，并且满足大学规定的学历条件就能获得学位。但要注意，目前中国国内不承认日本的 “论文博士” 学历，所以打算回国发展的同学，选择课程博士更保险。
日本大学院博士课程的标准修业年限和本科（学部）学制有关。像理学、工学、文科等 4 年制学部对应的博士课程，标准学制是 3 年；而医学部、齿学部等 6 年制医疗类学部的博士课程，标准学制为 4 年 。
不过，日本文科博士很难按时毕业，多数人需要 3 年以上才能拿到学位，如果 6 年还没完成学业，就只能拿到课程结业证书，相当于博士肄业。整体来说，文科博士毕业难度大于理科博士，理科博士又大于医学博士。
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