大学分六个学院：人文艺术学院（Faculty of Arts）、科学学院（Faculty of Science）、工程学院（Faculty of Engineering）、医学与牙医学院（Faculty of Medicine and Dentistry）、商学院（Business School）、社会科学与法律学院（Faculty of Social Sciences and Law）。

阿伯丁大学商学院

提供涵盖文学、生物、物理、地质科学、地理、古典学（古代史为主）、历史研究、牙医学、戏剧、经济、会计与金融、管理、历史、语言、法律、医药、政治、社会学、公共政策、社会政策及兽医学等领域的120多个学士学位课程，100多门授课式硕士和研究生文凭课程以及传统的博士研究项目。学校的航空航天工程、电子工程、医学、地球大气工程、地质学、法律、经济学、教育学、政治学、会计与金融学、媒体艺术等课程都达到世界一流的水准。

医学院

阿伯丁大学医学院有三个系——医学，牙医学和兽医学，再加上跨越医学和科学系的为学生提供基本医药生物课程的医药科学系一共有四个系；本科生课程有医学，牙医学，兽医学，兽医以及公共管理学。

研究生课程包括细胞分子神经学和补牙牙医学、牙医学、兽医、公共管理学、细胞分子神经学、生物学等；

科学院

阿伯丁大学科学院是学校中最大的学院，有2500多个本科生，有很多系，包括天文学，生物，化学，计算机，地理，地质学，数学，物理，心理学和医药学。学生也可以跨学科地选择，例如化学和法律，或地质学和生物。

研究生课程包括生态学，自然环境管理和心理学的研究方式。

社会科学院

社会科学院每年有350多名本科生，课程包括：会计和财会，经济，哲学和政治，心理学，社会政策和计划，社会学。

研究生课程有经济学、商科、财政和管理、发展学、行政计划、地理科学、社会学和公共关系学、经济、哲学、政治、财会、心理学、社会政策和计划、发展学、公共关系学、财政管理、工商管理等。

工程学院

一共有六个系，1200多个本科生。课程包括航空工程学，土木工程学，电机工程，通讯和多媒体工程，工程设计和机械工程。

研究生课程包括计算机，机械工程，工程管理和计算机科学——航空工程学、土木工程学、电机工程、通讯和多媒体工程、工程设计、机械工程、计算机科学等。

法学院

有下列课程：法学和欧洲法研究，法学和法语，法学和德语，化学和法律。

艺术学院

艺术学院有十五个系，除了教学，教职员工以出色的研究成果而出名。

本科生课程包括考古学，艺术史，英语，哲学，音乐和各类语言。学生也可跨学科地学习，部门例如考古学和地质学，或戏剧和英语。